Le département de l’archéologie présente l’aspect et les activités de la cité antique, le département de l’art du Moyen-Age présente entre autre des pièces telles que la « Tentation d’Eve » de Gilbertus, la « Nativité » du Maitre des Moulins. Le département histoire présente des documents évoquant le passé d’Autun du 15ème au 19ème siècle. Enfin, la section beaux-arts, introduite par une salle consacrée aux arts décoratifs, réunit des peintures françaises et européennes du 17ème siècle au 20ème siècle (Teniers, Natoire, Dèveria, H. Vernet, M. Denis). Le Musée Rolin est aujourd’hui enrichi par la donation André et Monique Frénaud qui regroupe 94 oeuvres d’artistes tels que Estève, Miro, Ubac, Geneviève Asse, Bazaine, Fautrier…